Ami a leginkább megkülönbözteti az iPhone-okat más mobiloktól, az az iOS. Ez egy nagyon stabil és erősen optimalizált operációs rendszer. Ez nagyrészt annak köszönhető, hogy csak az Apple telefonok és a kaliforniai gyártó más készülékei használják.
Az iOS nemcsak zökkenőmentes iPhone élményt, hanem nagyon magas szintű biztonságot is garantál. Zárt szoftverről van szó, így nehéz feltörni. Mi több, az Apple telefonok az amerikai kormányzati szervek által használt titkosítással vannak biztosítva. Az iPhone-ok arról is híresek, hogy nagyon hosszú időn keresztül kapnak frissítéseket. Minden almás készülék legalább 5 éven keresztül rendszeresen kap új iOS verziót. Ennek eredményeképpen, a legújabb funkciókat és biztonsági javításokat kapja az évekkel ezelőtt bemutatott iPhone X, de akár a régebbi modellek is.
Az iOS lehetővé teszi az Apple telefonok széleskörű személyre szabását is. A felhasználó a zárolási képernyőn tetszőleges fényképet jeleníthet meg, beállíthatja a betűtípus színét és méretét, kiválaszthatja a widgeteket.